Das Ziel eines „gesunden und nachhaltigen Bauens und Wohnens“ soll durch die ganzheitliche Betrachtung physiologischer, psychologischer, architektonischer und physikalisch-technischer Zusammenhänge und der Wechselwirkung zwischen Bauwerk, Nutzer (Bewohner) und dessen Umwelt erreicht werden. Baubiologische Grundsätze finden neben der Sanierung und dem Bau von Wohnungen auch Anwendung bei Bauten mit besonderen hygienischen Anforderungen wie Schulgebäuden, Krankenhäusern und Kindergärten sowie Bauten mit langen Aufenthaltszeiten der Nutzer wie Büros und anderen Arbeitsstätten.
Das Themenfeld der Baubiologie überschneidet sich zu einem guten Teil mit dem der Wohngesundheit, einem ebenfalls nicht ganz scharf umrissenen Begriff, der auf die Vermeidung von schädlichen Emissionen und anderen Einwirkungen von Wohngebäuden auf seine Nutzer abzielt.